Kristittyjen vainojen aika:
Kerrotaan, että kristittyjen vainojen aikoina kristitty tavattuaan toisen henkilön piirsi maahan kaaren ja jos toinen henkilö oli myös kristinuskoinen, hän piirsi omansa ja näin muodostui Ikhthyksen eli kalan kuva. Kreikan kielen sana ”Iktys” on myös lyhenne varhaisesta uskontunnustuksesta ”Jeesus Kristus, Jumalan Poika, Pelastaja”.
Tunnetuimpia tapauksia on munkkien vuonna 415 surmaama matemaatikko Theonin tytär Hypatia Aleksandrialainen. Vainot kohdistuivat myös kristinuskon omiin vääräoppisiin.
Uskonpuhdistus:
Uskonpuhdistuksessa eli reformaatiossa 1520-luvulla protestanteiksi kutsutut uudistajat nousivat useissa maissa katolista kirkkoa vastaan. Reformaattorit, joista keskeisimpiä oli Martti Luther, olivat sitä mieltä, että kirkossa vallitsi useissa kohdin harhaoppisuus. Katolisen kirkon puolella protestantteja pidettiin yhtä lailla harhaoppisina. Seurauksena oli, että useat hallitsijat perustivat maihinsa katolisuuden tilalle omat valtionkirkkonsa, ja katolinen kirkko toteutti suuria sisäisiä uudistuksia. Kuningas Kustaa Vaasan toteuttamana Suomi koki reformaation osana Ruotsin valtakuntaa: vasta myöhemmin, 1500-luvun lopulla, Ruotsin protestanttisen kirkon oppi määriteltiin täsmällisemmin evankelis-luterilaiseksi.